说明目标
描述输入数据、样本分组、希望回答的问题和预期产物。也可先在 Plan 模式审阅方案。
WINDOWS 优先 · TAURI 桌面 AGENT
从科研问题，
到可核验的
分析结果。
OmicsOps 把对话、Python/R 计算、文献检索和运行证据放进同一个项目。让分析从目标开始，也能沿着执行记录回看每一步。
面向可复现科研的本地工作台 · 项目持续开发中
研究目标Agent 模式
先确认数据格式和依赖，再检查单细胞数据的质控指标，并说明过滤阈值的依据。
从问题到证据
01检查环境与输入Python / R · 数据位置 · 项目依赖
02执行与验证分析在本地或项目绑定的 SSH 主机运行
03整理产物与依据图表 · 工具结果 · 文献来源
项目工作流程示意，非实际运行结果
01 / 提问从研究目标出发
用对话说明数据、问题与预期产物。
02 / 执行计算上下文清晰
在项目中选择本地或 SSH 环境。
03 / 回看结果有迹可循
将运行记录、产物和文献放在一起。
HOW IT WORKS
把研究过程放回同一个项目。
每次对话围绕一个具体问题展开，从检查条件到保存证据，保持工作的上下文。
检查条件
确认数据位置、解释器、依赖与可用工具。探测到 Python 或 R，不代表分析依赖已经齐全。
执行分析
根据项目选择本地或 SSH 上的 Python/R。运行中的关键操作由宿主执行审批与权限检查。
核验结果
检查图表、统计假设和文献引用，把产物与实际工具结果留在项目中，便于回看。
EXECUTION CONTEXT
数据在哪里，计算就靠近哪里。
本地与 SSH 都是项目的一等执行上下文。选择环境时，同时看清解释器、依赖和数据位置。
在本机运行
使用系统 PATH 中的 Python 或 Rscript；当前本地运行使用 system 环境。分析前仍需确认所需科研包。
Local / Python · R
连接远程算力
绑定可信 SSH 主机，选择远端 system 或项目 Micromamba 环境。大型数据优先保留远程引用、校验和与元数据。
SSH / system · Micromamba
模型、文献与外部 MCP 服务可能按配置接收提示词、结果或元数据；数据传输取决于所选服务和授权。
EVIDENCE, NOT JUST OUTPUT
结论需要能回到依据。
OmicsOps 帮助研究者把计算过程、资料来源和分析产物连在一起。模型生成的解释仍应由真实运行结果与文献核对。
运行记录
通过事件、工具结果与检查点保留执行依据，区分计划和真正完成的计算。
文献来源
检索 PubMed、Europe PMC 与 Crossref，保留可回查的来源和文献标识。
可复用工具
按需使用科学 Skills 与 MCP 工具；技能说明不等于已安装依赖，工具仍需按授权使用。
EXPLORE OMICSOPS
让下一次分析，
有清晰的来路。
项目仍在开发。查看源码与文档，了解当前能力、环境要求和使用限制。